Коллекции музея формировались во время экспедиционных сборов (археологических, этнографических, археографических), подготовки выставок по определенным темам, а также посредством эпизодических поступлений. Наиболее интересные коллекции музея:

КОЛЛЕКЦИЯ АРХЕОЛОГИИ

НУМИЗМАТИКА

ЭТНОГРАФИЯ

ДЕКОРАТИВНО-ПРИКЛАДНОЕ ИСКУССТВО

ИКОНОПИСЬ И ДЕРЕВЯННАЯ СКУЛЬПТУРА

КНИГИ КИРИЛЛИЧЕСКОГО ШРИФТА

ЕСТЕСТВЕННОНАУЧНАЯ КОЛЛЕКЦИЯ